miRNA是在真核生物中发现的一类内源性的具有调控功能的非编码RNA，其大小长约19~25个核苷酸单链小分子RNA，经典的功能包括：（1）翻译抑制：miRNA与靶mRNA通过6-7个碱基互补结合，可导致miRNA在蛋白质翻译水平上抑制靶基因表达。（2）mRNA的降解：miRNA也有可能影响mRNA的稳定性。如果miRNA与靶位点完全互补（或者几乎完全互补），那么这些miRNA的结合往往会引起靶mRNA的降解。每个miRNA可以有多个靶基因，而几个miRNAs也可以调节同一个基因。
那么如何预测miRNA的靶基因呢？TargetScan是一个强大的在线设计软件，不仅可以预测已知miRNA的靶基因，还可以预测已知基因的靶miRNA，下面小编带你详细了解TargetScan预测miRNA的靶基因的详细教程，希望能给科研小白提供一些帮助！
一、浏览器搜索TargetScan.org/vert 7.1进入官网
物种收录包括人，大鼠，小鼠，线虫，果蝇，斑马鱼，牛，狗，鸡等。 选择物种，输入基因名字miR-21-5p（以下输入位置均在红色方框内表示），点击submit。
预测到384个基因的转录本存在着目的miRNA(miR-21-5p)的保守结合位点，包含414个保守性结合位和138个非保守性结合位点。
列表解读：
1.Number of 3P-seq tags supporting UTR+5，表示mRNA切割和聚腺苷酸化位点；
2.Link to sites in UTRs：在UTR中的结合位点；
miRNA 5’端 第2-8 个碱基被称为种子序列（种子序列与靶基因的序列互补是 miRNA靶基因预测软件遵循的最重要原理）：
⑴ offset 6mer site： miRNA 5’端 第3-8个碱基与靶基因互补配对（mer指的是配对的核苷酸，6mer即6个碱基互补配对）；
⑵ 6mer site： miRNA 5’端 第2-7个碱基与靶基因互补配对（所有6mer位点都被归类为非保守性结合位点）；
⑶ 7mer-A1 site： miRNA 5’端 第2-7个碱基与靶基因互补配对，且靶基因对应 miRNA5’端 第1个碱基位置是A；
⑷ 7mer-m8 site： miRNA 5’端 第2-8个碱基与靶基因互补配对 ；
⑸ 8mer site：miRNA 5’端 第2-8个碱基与靶基因互补配对，且靶基因对应miRNA5’端第1个碱基位置是A 。
结合位点特异性：8mer > 7mer-m8 > 7mer-A1 > 6mer
3.Conserved sites、Poorly conserved sites、6mer sites结合位点；
4.Representative miRNA：miRNA名称
5.最后四栏为结合位点评分：
Cumulative weighted context++ score：累计加权分值，数字越小，靶点可能性越大；
Total context++ score：总评分值，数字越小，靶点可能性越大；
Aggregate PCT：种间进化保守计算的分值，分值越高，保守性越广；
Previous TargetScan publication(s)：报道该靶点预测的参考文献。
三、点击Sites in UTR（结合位点）
以miRNA的靶基因为ZNF367为例，进入以下页面，页面上方标记了靶基因名称，转录本，3UTR的长度，下拉页面即可看到miR-21-5p与ZNF367基因的保守性和非保守性结合位点：
结合位点的分值评估解读：
1. Predicted consequential pairing of target region (top) and miRNA (bottom)：白色部分表示靶向区域与miRNA的结合位点；
2. Context++ score：绝对值越大，置信度越高；
3. Context++ score percentile：数值越靠近100，置信度越高；
4. Weighted context++ score：各转录本3’UTR加权分值，数值越小，置信度越高；
5. Conserved branch length：每个结合位点在物种之间的系统发育分支长度的总和，与位点类型有关；
6. PCT：物种间进化评分值，数值越接近1，保守性越广。
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