TargetScan 数据库简介

EasyTargetscan EasyTargetScan_0.1.py是一个简单的脚本，允许直接在TargetScan中使用fasta文件来预测给定序列上的miRNA结合位点。 它需要Pearl和TargetScan usage: EasyTargetScan_0.1.py [-h] -utr UTR -mir MIR [-output OUTPUT] [-Taxon TAXON] Allows to use TargetScan from FASTA files optional arguments: -h, --help show this help message and exit -utr UTR a FASTA file conataining sequences to scan

细节增强的matlab代码 TargetScan辅助工具 该存储库旨在与我们的提交一起提供。 有关更多信息，请参阅： Agarwal V，Subtelny AO，Thiru P，Ulitsky I，Bartel DP。 。 bioRxiv 。 （2017）。 发行该代码是为了增强可重复性，并作为一组补充工具，以希望将来对其他使用新数据集的人有所帮助。 这些工具可用于多种生物中，以： 在带注释的基因中鉴定假定的miRNA结合位点，并在miRNA扰动数据集（即转染，诱导，敲除或敲除数据集）中可视化miRNA介导的阻抑（如图1所示） 使用UTR的全基因组多序列比对对短基序进化的性质进行统计分析（如图2所示） 优化和计算上下文特征，以帮助训练机器学习算法（如图3所示） 比较各种预测算法在测试集上的性能（如图4所示） 对于在结合3'UTR亚型信息的同时计算苍蝇或其他昆虫的环境得分的代码库，建议使用中提供的代码代替此代码。 如果您发现我们的代码或预先计算的fly miRNA目标预测对您的工作有帮助，请引用上面的论文。 为了更好地理解进化分析的方法论细节，以下资源描述了原始实现[1]，蠕虫和苍蝇的参

RNA-Seq数据中circRNA的定量，差异表达分析和miRNA目标预测分析的工作流程。 介绍 nf-core / circrna是一种生物信息学流水线，用于定量，miRNA靶标预测和RNA测序数据中存在的circRNA的差异表达分析（当前支持总RNA-...

基于生物信息学的miR-1靶基因预测和分析，高阳，罗万俊，目的：采用生物信息学的方法对miR-1的靶基因进行预测，并对其集合进行富集分析和生物学描述。方法：分别采取TargetScan和PicTar对miR-1靶�

CNN手写体数字识别数据集

Cupid 分 3 个步骤实施： 第 1 步：重新评估 3' UTR 中的候选 miRNA 结合位点，如 TargetScan、miRanda 和 PITA 通过整合它们的分数、在 3' UTR 中的位置和跨物种保护推断的。 步骤 2：通过整合有关选定位点、它们...